Die Probenvorbereitung für NGS umfasst eine Reihe komplexer Schritte. Dazu gehören die Qualitätskontrolle der Eingangsprobe, Library Preparation, Target Enrichment (optional), Amplifikation und Quantifizierung der Library vor der Sequenzierung.
Roche bietet ein großes Reagenzien-Portfolio (RUO) für die Probenvorbereitung und hochwertige Enzyme an, die für jeden Schritt der NGS-Probenvorbereitung entwickelt wurden.
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Eine der größten Herausforderungen beim Next-Generation Sequencing (NGS) ist die Fähigkeit, Proben mit geringem Input variabler Qualität mit vorhersagbaren Erfolgsraten zu verarbeiten. Die Bestimmung von Menge und Qualität der DNA vor und während der Library Preparation ist demnach für nachgelagerte Anwendungen äußerst wichtig. Gängige Proben-QC-Methoden, die auf Spektralphotometrie oder Fluorometrie basieren, sind in der Regel unzureichend, um die Ausbeute und Qualität der Library aus degradierten DNA-Proben vorherzusagen.
Mehr Informationen über die verschiedenen KAPA-HiFi-Kits finden Sie
Mit dem KAPA NGS FFPE DNA QC Kit (RUO) kann die Qualität von FFPE-DNA durch Vergleich der Amplifikation eines großen Amplikons (191 bp) und eines kleinen Amplikons (66 bp) bewertet werden. Die Primer zielen auf die humanen Long Interspersed Nuclear Elements (LINE) ab, was eine erhöhte Sensitivität und eine Minimierung der für die QC benötigten Probenmenge ermöglicht.
DNA Library Preparation für Next-Generation Sequencing (NGS) umfasst die Fragmentierung der Ziel-DNA-Moleküle in unterschiedliche Größen, End-Repair & A-Tailing, sowie die Ligation plattformspezifischer Adapter. Die Libraries werden anschließend amplifiziert und aufgereinigt. Je nach Art der DNA-Probe (z. B. frische Probe oder formalinfixiertes, paraffineingebettetes (FFPE) Gewebe) muss der Arbeitsablauf möglicherweise optimiert werden.
Mehr Informationen über die DNA Library Preparation-Lösungen von Roche finden Sie
Die KAPA HyperPrep Kits (RUO) bieten ein optimiertes Library Preparation-Protokoll für mechanisch gescherte DNA. Es werden mehrere enzymatische Schritte kombiniert und die Bead-Cleanup Schritte werden reduziert, um die Zeit der Library Preparation signifikant zu reduzieren.
Die KAPA EvoPlus V2 Kits (RUO) wurden neu gestaltet für eine verbesserte Leistung und Ausbeute mit enzymatischer Fragmentierung der DNA. Probenvariabilität und -komplexität wird überwunden mit einer erhöhten Toleranz gegenüber Inhibitoren. Die neue KAPA EvoT4 DNA-Ligase sorgt für eine erhöhte Effizienz bei der Ligation. Auch die KAPA EvoPlus V2 Kits sind im Röhrchen- sowie Plattenformat erhältlich.
Die KAPA HyperPlus Kits (RUO) bieten einen optimierten Workflow, der eine vollautomatisierte Fragmentierung und Library Preparation in einem einzigen Röhrchen umfasst. Diese integrierte Lösung kombiniert enzymatische Fragmentierung mit der Qualität des mechanischen Scherens und der Geschwindigkeit und Bequemlichkeit der tagmentation-basierten Workflows.
Die KAPA EvoPrep Kits (RUO) sorgen mit der neuen, weiterentwickelte KAPA EvoT4 DNA-Ligase für eine höhere Ligationseffizienz. Bessere Sequenzierleistungen werden auch mit anspruchsvollen Proben wie cfDNA, FFPET DNA oder mechanisch gescherter DNA* erreicht. ReadyMix-Reagenzien reduzieren die Anzahl der Verbrauchsmaterialien und der Arbeitsschritte. Die KAPA EvoPrep Kits sind erhältlich im Röhrchen- sowie Plattenformat, was die Automatisierung erleichtert.
*Im Vergleich mit unseren bestehenden KAPA DNA Library Prep Chemikalien. Die Daten sind bei Roche hinterlegt.
Die RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) wird durchgeführt, um Einblicke in globale Transkriptionsereignisse zu erhalten, die mRNA-Transkripte oder die Profile von RNA-Spezies wie lncRNA kodieren. Bei der Vorbereitung der RNA-Library für NGS werden je nach Ziel der Sequenzierung spezifische Strategien verwendet, wie z. B. die Anreicherung von mRNA oder die Depletion von rRNA. Roche Sequencing Solutions bietet bewährte, einfache und vollständige Arbeitsabläufe für verschiedene Probentypen und RNA-Seq-Anwendungen.
Mehr Informationen über die RNA Library Preparation-Lösungen von Roche finden Sie
Die KAPA RNA HyperPrep Kits mit RiboErase (HMR) (RUO) zur Illumina-Sequenzierung enthalten alle Puffer und Enzyme, die für die Depletion der ribosomalen RNA (rRNA) und den schnellen Aufbau von RNA-Libraries aus 25 ng - 1 µg gereinigter Gesamt-RNA erforderlich sind.
Die KAPA RNA HyperPrep Kits mit RiboErase (HMR) Globin (RUO) bieten eine hochwertige, umfassende Lösung für die Transkriptom-Sequenzierung. Durch den Einsatz einer gezielten enzymatischen Methode zur Depletion ermöglicht unser Arbeitsablauf eine Reduktion der ribosomalen RNA (rRNA) und eine vollständigere Darstellung des Transkriptoms.
Die KAPA mRNA HyperPrep Kits (RUO) für die Illumina-Sequenzierung enthalten alle Puffer und Enzyme, die für die Poly(A)-mRNA-Erfassung und den schnellen Aufbau von stranded mRNA-Libraries aus 50 ng - 1 µg intakter Gesamt-RNA erforderlich sind.
Die KAPA RNA HyperPrep Kits (RUO) nutzen eine neuartige Chemie, die die Kombination von enzymatischen Schritten und weniger Reaktions-Aufreinigungen ermöglicht. Der Arbeitsablauf ist flexibel und unterstützt den Aufbau von Libraries aus geringeren Inputmengen und degradierten Proben.
Die KAPA HiFi Kits enthalten die KAPA HiFi DNA Polymerase, die sowohl für NGS- als auch für PCR-Anwendungen formuliert wurde. Die KAPA HiFi DNA Polymerase kann komplexe DNA-Populationen mit hoher Genauigkeit, Effizienz und geringem Amplifikations-Bias amplifizieren. Dies führt zu geringeren Duplikationsraten und einer verbesserten Abdeckung von GC- und AT-reichen Regionen, Promotoren, niedrigkomplexen und anderen schwierigen Regionen. Diese Kits werden in einem einfach zu handhabenden ReadyMix- oder Komponentenformat angeboten, um Flexibilität und Komfort zu bieten.
Mehr Informationen über die verschiedenen KAPA-HiFi-Kits finden Sie
Die KAPA HiFi-DNA-Polymerase (RUO) (HotStart und Ready-Mix-Formulierung) ist ein neuartiges Einzel Enzym-System, das im Vergleich zu anderen Proofreading-Polymerasen und Polymerase-Mischungen branchenweit führend ist und eine hohe Zuverlässigkeit und Leistung aufweist.
Das KAPA HiFi Uracil+ Ready Mix Kit (RUO) gehört zur Familie der KAPA HiFi Kits. Es handelt sich um eine modifizierte Version der KAPA HiFi HotStart DNA Polymerase, die Uracil-Rückstände toleriert.
Target Enrichment ist eine kostengünstige und effiziente Methode zur Erfassung spezifischer Regionen nach der Library Preparation für NGS und hat viele Vorteile gegenüber Whole-Genome Sequencing (WGS), wie eine größere Sequenziertiefe. Aufgrund dieser Sequenziertiefe und Sensitivität ist das Target Enrichment beim Varianten-Calling in der Krebsforschung, bei der Identifizierung von krankheitsassoziierten Mutationen, Einzelnukleotidvarianten (SNPs), Einzelgenstörungen und bei Genexpressionsstudien von großem Nutzen.
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Das KAPA Hyper Capture Reagent Kit (RUO) enthält Komponenten zur Durchführung von Hybridisierungs-, Wasch- und Post-Capture-PCR-Schritten im KAPA HyperCap Workflow unter Verwendung von KAPA Target Enrichment Probes. Wir bieten neben 3 verschiedenen Katalog-Panels auch benutzerdefinierte Panels für den HyperCap Workflow an.
KAPA HyperPETE ist eine neue Technologie zur Anreicherung von Targets. KAPA HyperPETE kombiniert die Workflow-Vorteile der Amplikon-basierten Anreicherung mit der Leistungsfähigkeit von Probe-Capture-Workflows. Das KAPA HyperPETE Reagenzienkit (RUO) ist für die Verwendung mit den 5 Katalog-Panels sowie benutzerdefinierter Panels vorgesehen.
Mit Hilfe einer qPCR-basierten Lösung ermöglichen die KAPA Library Quantification Kits eine genaue und zuverlässige Quantifizierung von Libraries. Dieser Schritt stellt nicht nur eine abschließende Qualitätskontrolle der Libraries dar, sondern gewährleistet auch, dass sie entsprechend ihren Konzentrationen auf dem Sequenzer gepoolt werden können.
Die Kits enthalten den KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix, eine plattformspezifische Primer-Vormischung für die Library-Quantifizierung und einen vorverdünnten Satz von DNA-Standards.
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Die KAPA Library Quantification Kits (RUO) enthalten alle Reagenzien, die für die genaue, zuverlässige und reproduzierbare qPCR-basierte Quantifizierung von NGS-Libraries, die für die Sequenzierung auf Illumina-Plattformen vorbereitet wurden, benötigt werden.
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Disclaimer
Die genannten Reagenzien und Kits sind Research Use Only (RUO). Nur für Forschungszwecke bestimmt. Sie sind nicht für diagnostische Verfahren vorgesehen.
Illumina Sequenziersysteme und zugehörige Reagenzien werden von Illumina hergestellt und verkauft und nicht von Roche mitgeliefert.
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