Eine umfassende molekulare NGS-Sequenzierung ist als Empfehlung in die ESMO-Leitlinien aufgenommen und sollte bei entsprechender Verfügbarkeit und Therapiekonsequenz durchgeführt werden. 5

Bei allen NSCLC im Stadium IV sollen vor Erstlinientherapie umfassende molekularpathologische Untersuchungen hinsichtlich aller therapeutisch relevanten molekularen Veränderungen eingeleitet werden.4

Bei Vorliegen einer metastasierten oder therapieresistenten Brustkrebserkrankung, bei der Standardtherapiemöglichkeiten keinen Überlebensvorteil mehr bringen, sollte eine Vorstellung in einem molekularen Tumorboard zur umfassenden NGS-basierten molekularpathologischen Diagnostik angeboten werden. 4

Patienten mit metastasiertem kastrationsresistenten Prostatakarzinom sollen eine Sequenzierung von BRCA2 und BRCA1 angeboten bekommen. Mutationen in einem Gen der homologen Rekombinationsreparatur (HRR) können Patienten für eine Behandlung mit PARP-Inhibitoren qualifizieren. 4

Sofern initial Zugang zu einer primären NGS-basierten molekularen Analyse aus einer Tumorprobe (somatische Testung) besteht, sollte die molekulare Charakterisierung des Tumors (Panel-Diagnostik) stets eine BRCA1/2-Mutationsanalyse einschließen. 4

Bei Fällen mit nicht eindeutiger Zuordnung zu einer bekannten Entität mittels Morphologie und Immunhistochemie soll eine Untersuchung mit einem NGS-Panel angestrebt werden, das bekannte häufige Genfusionen und Treiberveränderungen von Weichgewebesarkomen abdeckt. 4

Im Gegensatz zu Hotspot-Panels, die lediglich kleine, vordefinierte Genregionen (Hotspots) untersuchen, analysiert CGP mittels Next-Generation Sequencing (NGS) simultan hunderte klinisch relevanter Gene über breite kodierende Regionen hinweg [Chen et al., 2025]. CGP ist darauf ausgelegt, alle vier Hauptklassen genomischer Alterationen in einem einzigen Test zu detektieren: Basensubstitutionen (SNVs), Insertionen/Deletionen (Indels), Kopienzahlveränderungen (CNVs) sowie Genfusionen und Rearrangements. Darüber hinaus ermöglicht erst die große genomische Abdeckung eines CGP-Panels (in der Regel >1 Mb) die zuverlässige Bestimmung komplexer genomischer Signaturen wie der Tumormutationslast (TMB), der Mikrosatelliteninstabilität (MSI) und der homologen Rekombinationsdefizienz (HRD), welche von kleinen Hotspot-Panels nicht valide erfasst werden können [Chalmers et al., 2017, Lin et al., 2024, Moore JA, et al.. 2023].

Der primäre Vorteil liegt in der Maximierung der Trefferquote für zielgerichtete Therapieoptionen. Da CGP alle Mutationsklassen und komplexe Signaturen parallel abdeckt, identifiziert es effektiv leitliniengerechte Targets, tumoragnostische Biomarker sowie prädiktive Biomarker für Medikamente, die aktuell für andere Indikationen zugelassen sind [Zehir et al., 2017; Hainsworth et al., 2018]. Zudem eröffnet CGP Patient:innen häufig den Zugang zu molekular-stratifizierten klinischen Studien. Ein weiterer entscheidender Faktor ist die verkürzte Time-to-Treatment: Eine sofortige, umfassende NGS-Testung kann zudem zu einem signifikant schnelleren Beginn der zielgerichteten

Die ESMO Precision Medicine Working Group empfiehlt seit 2020 den routinemäßigen Einsatz von Tumor-Multigen-NGS bei fortgeschrittenem NSCLC, Prostatakarzinom, Kolorektalkarzinom, Cholangiokarzinom und Ovarialkarzinom. Neu in der Leitlinie von 2024 ist die explizite Erweiterung der Empfehlung auf Patienten mit fortgeschrittenem Mammakarzinom sowie auf seltene Tumoren wie Sarkome, gastrointestinale Stromatumoren (GIST), Schilddrüsenkarzinome und Krebserkrankungen mit unbekanntem Primärtumor (CUP). Generell empfiehlt die ESMO den Einsatz von Tumor-NGS bei allen metastasierten Krebserkrankungen, um tumoragnostische Alterationen zu detektieren, sofern der Zugang zu entsprechenden Medikamenten gewährleistet ist [Mosele et al., 2024]. Nutzen Sie den Leitlinien-Hub, um indikationsspezifische S3-Leitlinien und deutsche Empfehlungen zur molekularen Testung in der Onkologie abzurufen.

Genomisch-gematchte Therapien können signifikant die Überlebens- und Ansprechraten verbessern. In der randomisierten Phase-2-Studie ROME zeigte die CGP-gesteuerte Therapie (Tailored Treatment) über verschiedene Tumorentitäten hinweg eine signifikant höhere Ansprechrate (ORR 17,5 % vs. 10 %) und ein verbessertes progressionsfreies Überleben (PFS) im Vergleich zur Standardtherapie [Scagnoli et al., 2025]. Bei CUP-Patienten belegte die CUPISCO-Studie ein signifikant verlängertes PFS (6,1 vs. 4,4 Monate) unter molekular-gesteuerter Therapie [Krämer et al., 2024]. Pragmatische Real-World-Studien wie der holländische DRUP-Trial und das norwegische IMPRESS-Programm bestätigen, dass ca. ein Drittel der Patienten mit fortgeschrittenen Tumoren einen klinischen Benefit durch NGS-gesteuerte Therapien hat [van der Velden et al., 2019; Helland et al., 2022].

Mindestens genauso wichtig ist der klinische Nutzen negativer Befunde: Das sichere Ausschließen von Treibermutationen oder das Entdecken von primären Resistenzmutationen (z.B. KRAS/NRAS-Mutationen beim Kolorektalkarzinom) verhindert den Einsatz ineffektiver Therapien (z.B. Anti-EGFR-Antikörper). Dies schützt die Patienten vor unnötiger Toxizität und vermeidet im Gesundheitssystem signifikante Kosten für wirkungslose Behandlungen [Rankin et al., 2016].

Tumoragnostische Biomarker sagen ein Therapieansprechen unabhängig von der Histologie des Primärtumors voraus. Die ESMO stuft Marker wie NTRK1/2/3-Fusionen, MSI-High/dMMR, RET Fusionen, BRAF Mutationen (p.V600E), FGFR1/2/3 Fusionen und Mutationen und TMB-High als ESCAT Level IC ein. Diese sind hochprädiktiv für den Einsatz spezifischer Inhibitoren bzw. für Immuncheckpoint-Inhibitoren. Diese Biomarker sollten routinemäßig bei allen Patient:innen mit metastasierten soliden Tumoren im Rahmen der Erstlinien- oder frühen Rezidivdiagnostik per NGS mitgetestet werden, um hochwirksame Therapieoptionen auch bei ansonsten therapieresistenten oder seltenen Entitäten aufzudecken [Mosele et al., 2024].

Standardmäßig wird FFPE-Tumorgewebe aus dem Primärtumor oder einer Metastase verwendet. Eines der Probleme der klinischen Praxis ist die Verfügbarkeit von ausreichend Tumorgewebe für die molekulare Testung (Sadik et al., 2022 am Bsp. NSCLC]. Sequenzielle Einzelgentests verbrauchen das Gewebe sehr rasch; ein negativer Einzeltest verdoppelt das Risiko, dass darauffolgende molekulare Analysen aufgrund von zu limitierter Gewebeverfügbarkeit abgebrochen werden müssen [Nesline et al., 2023]. CGP schont das Gewebe, da hunderte Biomarker – von SNVs bis hin zu komplexen Markern wie MSI – aus einer einzigen Probe evaluiert werden [Chen et al., 2025].

Die simultane RNA-Sequenzierung (zusätzlich zur DNA) ist insbesondere für die robuste und sensitive Detektion von Genfusionen relevant. Besonders kritisch ist die RNA-Analyse beispielsweise bei Weichgewebssarkomen, da hier rund 20 % der Tumoren durch tumorspezifische Translokationen (z.B. EWS-FLI1, SS18-SSX, ETV6-NTRK3) getrieben werden. Der sichere Nachweis dieser Fusionen auf RNA-Ebene dient hier nicht nur der prädiktiven Therapiesteuerung [Scheipl et al., 2021], sondern ist oft zwingend notwendig, um die pathologische Sarkom-Diagnose überhaupt erst abzusichern oder zu korrigieren [Gounder et al., 2022].

Die Analyse von zirkulierender Tumor DNA aus dem Blutplasma (Liquid Biopsy) ist eine gute und minimal-invasive Alternative für die molekulare Testung zur Therapiefindung, wenn z.B. Tumorgewebe fehlt, nicht in ausreichender Menge oder Qualität vorliegt oder wenn eine Gewebebiopsie für den Patienten zu riskant ist [Yazaki et al., 2025]. Sie bietet zudem den Vorteil, dass zirkulierende Tumor DNA aus verschiedenen Tumorklonen (‘intratumor’ Heterogenität) und -herden (‘intrapatient’ Heterogenität, z.B. Primärtumor und Metastasen) stammen und damit ein umfassenderes Bild liefern kann [Scherer, F. in Schaffner et al. 2020]. 

Es gibt unterschiedliche Vergütungs- und Versorgungsstrukturen der molekularen Testung auf Basis von Tumorgewebe. 

Die Erstattung von Companion-Diagnostik-Untersuchungen und anderen gentechnischen Testverfahren an Tumorgewebe wurde im vertragsärztlichen Leistungskatalog für die ambulante vertragsärztliche Versorgung im Jahr 2017 sichergestellt [OPG Spezial Pathologie, 2025]. Hier erfolgt die molekularpathologische Diagnostik per Überweisungsauftrag an eine berechtigte Pathologie. Diese rechnet die Leistungen direkt über das EBM-Kapitel 19.4 ab. [Kron et al., 2023]. Da die Kosten über den EBM der Pathologie laufen, belasten diese Analysen nicht das Arzneimittelbudget oder die Fallpauschale (DRG) des Onkologen bzw. des Krankenhauses. Bei der Liquid Biopsy ist die Erstattung in der ambulanten Versorgung aktuell noch auf einige wenige indikationsbezogene Fragestellungen und Einzelmarker begrenzt. Diese Einschränkung verhindert die Erstellung eines umfassenden Tumorprofils und beschneidet somit das Potential der Liquid Biopsy [Vision Zero Oncology ‘Liquid Biopsy, Minimal-invasiv, maximal informativ, 2025].

Im stationären Setting gibt es über das DRG-System derzeit keine kostendeckende Vergütung für die umfassende molekulare Testung. [OPG Spezial Pathologie, 2025]

In Deutschland wird die Erstattung für fortgeschrittene Tumoren außerhalb der Regelversorgung zunehmend strukturiert über Zentren für Personalisierte Medizin (ZPM) und das Deutsche Netzwerk für Personalisierte Medizin (DNPM) gefördert, wo Fälle nach strengen Kriterien im Molekularen Tumorboard (MTB) evaluiert werden [Illert et al., 2023].